Nata per accogliere i figli dei funzionari e dei ricercatori del Centro Comune di Ricerca Euratom, oggi Ccr di Ispra, che provengono da tutti i paesi dell'Unione Europea e da altri paesi terzi, accoglie anche i figli di coloro che operano in aziende collegate da accordi con la Scuola Europea e, nei limiti della disponibilità di posti, anche alunni cosiddetti privati provenienti dalla realtà sociale e culturale della città di Varese, Provincia e non solo. Dal 19 settembre 1960, anno di inizio dell'attività scolastica con 19 alunni e 9 professori l'istituto è cresciuto moltissimo: attualmente gli allievi sono 1340, distinti nei cicli materno, primario e secondario, seguito da ben 104 professori distaccati più 42 incaricati. Anche il numero dei diplomi (Bac) consegnati dalla scuola sono aumentati notevolmente, da 1059 del 1965 sono arrivati a 1264 nel 1985 per raggiungere il picco di 2471 nel 2000. 

Le Scuole Europee sono in tutto dieci, sparse su tutto il territorio dell'Unione e sono sorte grazie a un accordo intergovernativo firmato da tutti i 15 Paesi. Oggi le scuole sono frequentate da 16.000 allievi e sono poste sotto l'autorità amministrativo-pedagogica di un Consiglio Superiore composto dai Ministri responsabili per l'Istruzione dei 15 paesi. Da 40 anni la Scuola Europea di Varese è fedele a un'alta funzione ideale: quella di contribuire al processo dinamico della costruzione europea, nel rispetto delle diverse caratteristiche delle culture nazionali, attraverso la formazione che essa fornisce ai giovani che la frequentano. La Licensa Liceale Europea (Bac) è riconosciuta senza restrizioni e permette di accedere alle università dei 15 Stati membri e anche a quelle di altre nazioni come Svizzera e Stati Uniti.

Alcune delle tappe più significative dell'evoluzione della scuola.

19 settembre 1960: inizia il primo anno scolastico al "Quartiere Bellotti". La scuola comprende quattro sezione linguistiche :francese,tedesca,italiana,olandese.
23 marzo 1961: viene posta la prima pietra degli edifici destinati ad ospitare gli alunni dei cicli materno e primario. dicembre 1962: sono pronti gli edifici per i cicli materno e primario. In attesa della costruzione degli edifici per il ciclo secondario.
settembre 1965: viene inaugurato l’edificio destinato ad ospitare le classi del ciclo secondario con un'ampia mensa trasformabile in salone delle feste.
settembre 1971: Mathias THINNES, di nazionalità lussemburghese,succede a M.Decombis nella direzione della scuola.
settembre 1975: viene aperta una sezione staccata dei cicli materno e primario vi nel comune di Brebbia. 
settembre 1981: viene inaugurato un secondo edificio atto ad ospitare le quinte classi del ciclo primario e le prime classi del ciclo secondario.
settembre 1985: Willi KRUGER,di nazionalità tedesca,succede a W.Petry nella direzione della scuola.
settembre 1990: arrivo del Sig.Jorg HOFFMANN , di nazionalità tedesca, alla direzione della scuola. W.Kruger torna nel suo paese di origine.
settembre 1993: vengono inaugurate l'Aula Magna e la nuova Biblioteca.
1996-1997:Trasformazione parziale dell'edificio della scuola elementare per accogliere gli allievi della scuola di Brebbia che chiude.
settembre 1999: arrivo della Sig.ra Renée CHRISTMANN, di nazionalità francese,alla direzione della scuola.