La configurazione attuale della palude, con vaste aree a canneto e numerosi specchi d’acqua è frutto oltre che del clima, del tipo di terreno e dell’ evoluzione della vegetazione, anche delle vicende storico-economiche del luogo. 

Dallo studio dei catasti e documenti storici si evince che in epoca storica il paesaggio palustre rimase pressoché invariato fino al 1700, quando la Palude, ritenuta una fonte di esalazioni nocive e miasmi e causa delle terribili febbri che colpivano le popolazioni locali, fu oggetto di diversi progetti di “bonifica” che furono sempre però contrastati da ostacoli di varia natura. Tuttavia, mentre i progetti di bonifica auspicati in nome del miglioramento delle condizioni igienico-sanitarie (ma anche sulla scorta di precisi calcoli di convenienza economica), rimasero pressoché sulla carta, la Palude fu comunque oggetto di escavazioni sempre più metodiche in seguito alla “scoperta” di giacimenti torbosi nel fondo degli stagni. Ma alle soglie del XX secolo, esaurito il dibattito sulla bonifica della Brabbia, e perso l’interesse verso i giacimenti torbosi, la storia della Palude Brabbia diventa di fatto storia dei giorni nostri: riconosciuto il suo inestimabile valore naturalistico, la Palude Brabbia, nel 1981, viene compresa nel prima elenco dei biotopi e geotopi della Regione Lombardia, nel 1983 viene dichiarata Riserva Naturale regionale e nel 1984 viene riconosciuta dal Ministero dell’Agricoltura Zona Umida di Importanza internazionale ai sensi della convenzione di Ramsar del 1971. Dal 1994 la LIPU gestisce l’area in Convenzione con la Provincia di Varese che è l’Ente gestore della Riserva".